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Ver 5
検査案内書
（アルポート症候群遺伝子検査）
使用開始日 2022 年 11 月 24 日
管理者（発行者） 糸賀 栄 印
精度管理責任者 細川 淳一 印
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改訂履歴一覧表
No. 改訂内容 Ver. 使用開始日 作成者 承認者 1 新規作成 1 2020/1/9 細川淳一 糸賀栄
2 intron領域の追加 2 2020/11/6 細川淳一 糸賀栄
3 一部領域の追加 3 2021/4/21 細川淳一 糸賀栄 4 書式変更 4 2022/4/1 細川淳一 糸賀栄 5 領域追加 5 2022/11/24 細川淳一 糸賀栄 6
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検査項目： 「アルポート症候群」
検査名： 【アルポート症候群遺伝子検査】
概略
アルポート症候群は進行性遺伝性腎炎であり、約９割がX連鎖型遺伝形式を示し、そ の重症例では男性で10代後半から20代前半に末期腎不全に進行する。若年透析導入の 主因である。糸球体基底膜に電子顕微鏡で特徴的網目状変化を認め診断に有用である。
皮膚基底膜や糸球体基底膜の IV 型コラーゲン蛋白の異常の検出が確定診断に有用であ る。遺伝子解析も可能で、確定診断に有用である。
本検査では COL4A3,COL4A4,COL4A5 遺伝子のタンパク質コード領域エクソンとその両 端のスプライス部位領域を次世代シークエンサーで解析し、主に検出されたアレル頻度 1％以下の稀な一塩基置換と短い挿入・欠失について報告する。短鎖リード型次世代シー ケンサーのデータの補完が必要な場合は、サンガー法によるキャピラリーシーケンサー での解析を行う。なお大規模欠失・挿入等のコピー数変化や大規模なゲノム構造変化に 関しては高精度での検出が短鎖リード型の次世代シーケンサーでは困難なため、報告対 象としない。体細胞モザイクについてはバリアントコーラーで検出できたものに関して は報告するが、バリアントコーラーで検出できなかったものに関しては報告しない。ま た上記領域に加え、下記の領域も解析に追加する。
遺伝子名 position(hg38) HGVS.c
COL4A3 chr2:227280429 c.2224-11C>T(NM_000091.5) COL4A3 chr2:227303992 c.4028-27A>G(NM_000091.5) COL4A3 chr2:227308376 c.4462+457C>G(NM_000091.5) COL4A3 chr2:227311398 c.4929-388G>T(NM_000091.5) COL4A4 chr2:227010524 c.4334-23A>G(NM_000092.5) COL4A4 chr2:227087951 c.1623+702T>A(NM_000092.5) COL4A5 chrX:108568070 c.277-559A>G(NM_000495.5) COL4A5 chrX:108570694 c.385-719G>A(NM_000495.5) COL4A5 chrX:108573562 c.466-12G>A(NM_000495.5) COL4A5 chrX:108576851 c.609+879A>G(NM_000495.5) COL4A5 chrX:108591701-
108591702
c.1423+57dupC(NM_000495.5)
COL4A5 chrX:108595142 c.1424-367C>A(NM_000495.5) COL4A5 chrX:108595489 c.1424-20T>A(NM_000495.5) COL4A5 chrX:108601867 c.2042-18A>G(NM_000495.5)
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COL4A5 chrX:108606702 c.2245-40A>G(NM_000495.5) COL4A5 chrX:108606728 c.2245-14T>A(NM_000495.5) COL4A5 chrX:108608167 c.2395+1275C>G(NM_000495.5) COL4A5 chrX:108608184 c.2395+1292G>T(NM_000495.5) COL4A5 chrX:108609642 c.2395+2750A>G(NM_000495.5) COL4A5 chrX:108665496 c.3374-11C>A(NM_000495.5) COL4A5 chrX:108690448 c.4511-2300T>G(NM_000495.5) COL4A5 chrX:108692403 c.4511-345A>G(NM_000495.5) COL4A5 chrX:108692737 c.4511-11A>G(NM_000495.5) COL4A5 chrX:108695042 c.4803+121T>C(NM_000495.5)
(1) 検査方法
血液から回収したゲノムDNAから、該当する検査対象遺伝子のたんぱく質コード 領域エクソンとそのイントロン境界部分をハイブリダイゼーションあるいは酵素的 増量法（polymerase chain reaction法、PCR法と略）により濃縮し、次世代シーケ ンサーあるいはキャピラリーシーケンサーによる遺伝子配列決定を行い、検査対象 遺伝子のたんぱく質コード領域におけるシーケンシングで検出可能な低出現頻度の 塩基配列変化の有無を検出する。
(2) 基準値及び判定基準
国際的に用いられているヒトゲノムリファレンス配列との比較から、低出現頻度変異 の有無を判定する。
(3) 医療機関に緊急報告を行うこととする検査値の範囲
特になし。本検査は緊急性を要するものではありません。
(4) 検査に要する日数
検体が本所に届いた日から60営業日以内。
(5) 測定を委託する場合にあっては、実際に測定を行う衛生検査所の名称
測定の委託はありません。
(6) 検体の採取条件
医療機関にて検査の目的や限界について十分に説明し、本検査の申し込みの意思
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(7) 検体の採取容器
弊所発行の匿名化ID記載ラベルが貼付された採血管1本
（真空密封型採血管EDTA-2K（またはNa）顆粒）
(8) 検体の採取量
血液1mL以上を採血する。
(9) 検体の保存条件
採血後は、速やかに冷蔵または凍結保管する。
(10) 検体の提出条件
上記（７）、（８）、（９）を満たす検体について、箱に入れて室温にて本所に発送する
（必要に応じて、保冷剤の同梱も可）。発送日の翌日に到着することを原則とする。
(11) 検査依頼書及び検体のラベルの記載項目
検体貼付ラベルには匿名化IDならびに検体管理用IDを記載する。
検査依頼書は、当検査室指定の様式を使用する。主な記載項目を以下に示す。
・匿名化ID
・希望する検査項目（疾患名、検査コード番号、検体数）
・医療機関情報
・遺伝カウンセリングを担当する臨床遺伝専門医
・請求書送付先情報
(12) 検体を医療機関から衛生検査所(他の衛生検査所に測定を依頼する場合に あたっては、当該衛生検査所等)まで搬送するのに要する時間
発送日の翌日到着を原則とする。
土日祝日は受付け不可なので、医療機関には十分な注意を促す。
(13) 免責事項
なし
(14) 検査のお申し込み、お問い合わせ
公益財団法人かずさDNA研究所 遺伝子検査室 (かずさ遺伝子検査室)
〒292-0818 千葉県木更津市かずさ鎌足2丁目5-23
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E-mail ： [email protected]
