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Academic year: 2021

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0 xxx xxx

xxx xxx

e

0 xxx xxx

xxx d

0 xxx xxx

c

0 xxx b

0 a

e d

c b

a:CGAAT a

b:CGATT c:TAAGC d:TAAGA e:TCAGG

0 xxx xxx

xxx

0 xxx xxx

0 xxx 0

0 xxx xxx

0 xxx 0

0 xxx 0

問題１ ：5つのDNA配列a,b,c,d,eのマルチプルアライメントから、それらの配列のUPGMA 法による系統樹を描け。不一致文字数を距離とすること。また、計算過程で用いる距離行 列に値を記入し、系統樹には枝の長さも記入すること。

マルチプルアライメント

距離行列

距離行列 距離行列

距離行列

系統樹

平成１９年度 近畿大学 生命情報学 川端担当分 試験問題 (2007.5.29)

所属：＿＿学部＿＿＿＿学科 ___ ＿コース ＿＿＿学年

学籍番号：＿＿＿＿＿＿＿＿氏名：＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿

(2)

2

学籍番号の末尾が

0か1:(a)CTAGTCAGACGACTA 2か3:(b)CTGCGATGCGTGCTA 4か5:(c)CTACTGAGTACGATA 6か7:(d)CTGCGTCGACTGCTA 8か9:(e)CTGACATGATCACTA

問題２：二つのDNA配列Ａ，Ｂのグローバルアライメントとそのスコアを、下のドットマトリックス に書き込むことで求めよ。スコアは一致が１点、不一致が０点、ギャップペナルティは-1点と する。ドットマトリックスは一致箇所に○を記入し、アライメントに対応するパスを折れ線で記 入せよ。配列Aは、CTACGTGAGTCGCTAである。配列Ｂは、各人の学籍番号の末尾の数 字に従って、以下の５種(a),(b),(c),(d),(e)の配列から選択して答えよ。

アライメント （配列Ｂは a, b, c, d, e を選択） スコア 配列Ａ

配列Ｂ

C T A C G T G A G T C G C T A

配列Ｂ

点

参照

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