既存の固定系の種類と特徴
糖代謝を基盤:カルビンベンソンサイクル
無機化合物代謝を基盤:アセチル-CoA経路
有機酸代謝を基盤:
Reductive TCA cycle
Dicarboxylate/4-Hydroxybutyrate cycle
3-Hydroxypropionate/4-Hydroxybutyrate cycle
3-Hydroxypropionate cycle
Reductive TCA cycle
POR
OGOR
Dicarboxylate/4-Hydroxybutyrate cycle
Similar to rTCA cycle Similar to 3-HP/4-HB cycle PNAS 105, 7851 (2008)2CO
2+ CoA
→Acetyl-CoA
3ATP + 8[H]
POR耐酸素性:低
3-Hydroxypropionate/4-Hydroxybutyrate cycle
Similar to 3-HP cycle Similar to DC/4-HB cycle2CO
2+ CoA
→Acetyl-CoA
4ATP + 8[H]
Science 318, 1782 (2007)耐酸素性:高
PNAS 106, 21317 (2009)
3-Hydroxypropionate cycle
Bifunctional
PNAS 106, 21317 (2009) Bifunctional Trifunctional Trifunctional アセチルCoA マロニルCoA マロン酸セミアルデヒド 3-ヒドロキシプロピオン酸 3-ヒドロキシプロピオニルCoA アクリロイルCoA プロピオニルCoA
3-Hydroxypropionateサイクル
アセチルCoAから プロピオニルCoA までJ. Exp. Bot. 63, 2342 (2012)
The shortest possible carbon fixation cycle
PNAS 107, 8889 (2010) OGOR
2CO
2→ Glyoxylate (ATP + 4[H])
C4-Glyoxylate cycle (I)
PNAS 107, 8889 (2010)2CO
2→
Glyoxylate
(3ATP + 4[H])
耐酸素性:高
C4-Glyoxylate cycle (II)
PNAS 107, 8889 (2010)2CO
2→
Glyoxylate
(3ATP + 4[H])
耐酸素性:高
○
Hydrogenobacter thermophilus
○ 70℃で生育するバクテリア(グラム陰性菌)
○ Chemolithoautotroph
エネルギー源:H
2, チオ硫酸
最終電子受容体:O
2(40%まで), NO
3-, Fe
3+, S
炭素源:CO
2(絶対独立栄養性)
○ 特異な代謝系・菌体構成成分
メチオナキノン
アミノリン脂質
還元的TCAサイクル
窒素代謝
○ 進化系統的特徴
古い起源 (16S rRNA遺伝子による系統解析)
○ ゲノム情報
好熱性水素細菌
絶対独立栄養性の分子基盤
No Pyruvate kinase!
Reductive TCA cycle
POR
OGOR
PORの炭酸固定反応 (1/2)
Fd1 Fd2 Minus Acetyl-CoA Minus Acetyl-CoA Complete Complete Minus CoA Minus CO2 FEBS J. 277, 501-510 (2010)PORの炭酸固定反応 (2/2)
炭酸固定方向 脱炭酸方向
Fd1
0.23
0.55
Fd2
0.19
0.43
(U/mg protein) FEBS J. 277, 501-510 (2010)EPRスペクトル解析
As purified + Dithionite
+ Pyruvate
+ Pyruvate + CoA
+ Fd1 + OGOR + 2-OG + CoA + Fd1 + OGOR + 2-OG + CoA + Acetyl-CoA
POR推定反応機構
OGOR炭酸固定反応 (2/2)
KORでの測定例 Complete
Minus KOR
Western blotting 2 4 3 6 4 8 7 2 2 4 3 6 4 8 7 2 a b 2 4 3 6 4 8 7 2 2 4 3 6 4 8 7 2 (hr) g d a b Porg A B kor 2-subunit-type OGOR (KOR) D A B G E for 5-subunit-type OGOR (FOR)
Aerobic Anaerobic Aerobic Anaerobic
FOR is expressed only under aerobic condition.
KOR is expressed under both aerobic and anaerobic conditions.
BBRC, 312, 1297-1302 (2003)
CO
2-dependent expression of the two OGOR genes
Tiling array signal
A B kor D A B G E for CO2 (15%) CO2 (0.25%)
フマル酸還元酵素
フマル酸還元酵素のサブユニット数が多いこと、さらにはモチー
フが多いことは、生物が、とにかくフマル酸を代謝しよう、と喘い
でいた歴史を刻んでいるのでは
!
?
窒素代謝
GOGAT NH3 Gln Glu Glu GS NO2- NO3- NAS NIR CO2 Oxaloacetate Citryl-CoA Citrate Succinyl-CoA Oxalosuccinate Isocitrate 2-Oxoglutarate Succinate Fumarate Malate Pyruvate Acetyl-CoA Gluco- neogenesis CO2 CO2 CO2 Fdred Fdox Fdred Fdox Fdred Fdox?
Amino acids OGOR PORCarbon assimilation
Nitrogen assimilation
?
硝酸呼吸が可能・GS-GOGAT系が機能
硝酸取り込みは?
1 kb
nirB
nasB
H. thermophilus
genome
nasA
(nitrate/nitrite transporter)NO
3
-
2e-
NO
2
-
NH
4
+
NAS
6e-
NIR
(Nitrate reductase)
(Nitrite reductase)
Nitrogen assimilation
~Enzymes & Reductants~
Purification & characterization of NAS
・Ferredoxin is utilized as a reductant. ・NAD(P)H is not utilized as a reductant.
・N-terminal amino acid sequencing revealed NAS is a translation product of nasB.
Physiological role of NAS
NAS is essential for NO
3-assimilation under aerobic
condition.
NAS is not involved in
nitrate respiration.
○
Hydrogenobacter thermophilus
○ 70℃で生育するバクテリア(グラム陰性菌)
○ Chemolithoautotroph
エネルギー源:
H
2, チオ硫酸
最終電子受容体:
O
2(40%まで)
, NO
3-, Fe
3+, S
炭素源:CO
2(絶対独立栄養性)
○ 特異な代謝系・菌体構成成分
還元的TCAサイクル
窒素代謝
メチオナキノン
アミノリン脂質
○ 進化系統的特徴
古い起源 (16S rRNA遺伝子による系統解析)
○ ゲノム情報
好熱性水素細菌
炭酸固定(還元的TCA cycle)
[活性]酸素防御システム
など
電子供与体
還元力:e
-呼吸
Hydrogenobacter thermophilus TK-6
エネルギー
代謝
・伊豆の峰温泉から単離
・好熱性 (生育至適温度:70 ℃)
・好気的に生育可能
(40%O
2)
・絶対独立栄養性
電子供与体:
水素
、チオ硫酸
電子受容体:
酸素
、硝酸
炭素源:
二酸化炭素
H. thermophilus TK-6 のヒドロゲナーゼ
Expression level Localization Mutant Characteristics
Hox
高発現
膜近傍の
Cytoplasm
15%以上の酸素濃度で
生育不能
Hup1
高発現
膜結合
嫌気条件で生育遅い
Hup2
低発現
Cytoplasm
-
Hyn
低発現
膜結合
微好気条件で生育遅い
Hox
Hup2
Hup1
Hyn
推定局在性
Periplasm CytoplasmH
2
2H
+還元力:2e
-Hydrogenase
方法
• 経時的にOD測定、気体を20
m
Lサンプリング
• ガスクロマトグラフィーによって、H
2
, O
2
の消費
を追跡 (カラム: Molecular Sieve 5A)
100 ml vialを使用
培地(10 ml)
+菌体
(OD
540=0.1)
気相
H
2, CO
2, O
2, N
270ºC
菌体
O
2CO
2H
2N
2WT
5
15
65
15
10
10
15
5
Δhox 10
10
単位: % (v/ v)気相条件
WT 5 %O
2
におけるガス消費
0 1 2 3 4 5 0.1 1 0 2 4 6 8 10 % OD 540 nm Time (hour) OD O2 0 10 20 30 40 50 60 0.1 1 0 2 4 6 8 10 % OD 540 nm Time (hour) OD H2酸素消費
水素消費
(5%)消費酸素/消費水素 ≒ 0.41
WT 10 %O
2
におけるガス消費
0 2 4 6 8 10 0.1 1 0 2 4 6 8 10 12 14 16 % OD 5 4 0 n m Time (hour) OD540 O2 % 0 10 20 30 40 50 60 0.1 1 0 2 4 6 8 10 12 14 16 % OD 54 0nm Time (hour) OD540 H2 %酸素消費
水素消費
(5%)消費酸素/消費水素 ≒ 0.41
(10%)消費酸素/消費水素 ≒ 0.27
WT 15 %O
2
におけるガス消費
0 5 10 15 0.1 1 0 4 8 12 16 20 % OD 5 4 0 n m Time (hour) OD540 O2 % 0 10 20 30 40 50 60 0.1 1 0 4 8 12 16 20 % OD 5 4 0 n m Time (hour) OD540 H2 %酸素消費
水素消費
(5%)消費酸素/消費水素 ≒ 0.41
(10%)消費酸素/消費水素 ≒ 0.27
(15%)消費酸素/消費水素 ≒ 0.20
酸化ストレスへの、
エネルギー(水素)
代謝による対応
ガス消費まとめ (1/2)
炭酸固定(還元的TCA cycle)
[活性]酸素防御システム
など
水素
還元力:e
-酸素
エネルギー
代謝
(5%)消費酸素/消費水素 ≒ 0.41
(10%)消費酸素/消費水素 ≒ 0.27
(15%)消費酸素/消費水素 ≒ 0.20
酸化ストレスへの、
エネルギー(水素)代謝
による対応
ガス消費まとめ (2/2)
初期酸素濃度が高いほど、ガス消費量あたりの菌体量が小さい
還元的TCA cycle を機能させるため、酸素濃度を下げる働き?
OD/酸素
消費量
OD/水素
消費量
5%
0.18
0.072
10%
0.16
0.042
15%
0.13
0.025
Δhox 10 %O
2
におけるガス消費
0 2 4 6 8 10 0.1 1 0 2 4 6 8 10 12 14 16 % OD 5 4 0 n m Time (hour) OD540 O2% 0 10 20 30 40 50 60 0.1 1 0 2 4 6 8 10 12 14 16 % OD 5 4 0 n m Time (hour) OD540 H2%酸素消費
水素消費
(5%)消費酸素/消費水素 ≒ 0.37
(10%)消費酸素/消費水素 ≒ 0.27
(15%)消費酸素/消費水素 ≒ 0.20
(10%)消費酸素/消費水素 ≒ 0.15
Δhoxは、WTより高い酸素
ストレスに曝されている?
Δhox は最終OD値が高い
0.1 1 0 4 8 12 16 OD 540 nm Time (hour)Δhox
WT
最終OD
WT : 1.47
Δhox : 1.86
約20%差
OD/酸素 消費量 OD/水素 消費量WT
0.16
0.042
Δhox
0.23
0.036
酸素消費量あたりのOD値は、激増(効率的なエネルギー代謝)
水素消費量あたりのOD値の低さは、酸素ストレスと関連?
Hox は膜結合型ヒドロゲナーゼに比べて
エネルギー生産効率が20%低い
4H
+2H
+H
21/2O
2+2H
+H
2O
4H
+2H
+2H
+H
21/2O
2+2H
+H
2O
計 8H
+計 10H
+<Hox>
<膜結合型ヒドロゲナーゼ>
Cytc
Q
bc
1Cox
2H
+分少ない
Hox
ATPase
2H
+H
21分子から作られるプロトングラジエントの理論値
2H
+2H
+炭酸固定(還元的TCA cycle)
[活性]酸素防御システム
など
電子供与体
還元力:e
-呼吸
Hydrogenobacter thermophilus TK-6
エネルギー
代謝
・伊豆の峰温泉から単離
・好熱性 (生育至適温度:70 ℃)
・好気的に生育可能 (40%O
2)
・絶対独立栄養性
電子供与体:水素、チオ硫酸
電子受容体:酸素、硝酸
炭素源:二酸化炭素
電子供与体
水素 、チオ硫酸
還元力
還元的
TCA回路
炭素源
CO
2電子受容体
酸素、硝酸
呼吸
電子獲得系
活性酸素種
酸化ストレス
防御機構
解毒化
Fd
NADH
ATP
H. thermophilus中の電子の流れ
活性酸素種除去システム
Superoxide dismutase: 2O
2-+ 2H
+→ H
2
O
2+O
2Superoxide reductase : Rubredoxin
red+ O
2-+ 2H
+= Rubredoxin
ox
+ H
2O
2Catalase: 2H
2O
2→ 2 H
2O + O
2Reactive oxygen species detoxification systems
Superoxide dismutase [2O
2-+ 2H
+→ H
2
O
2+ O
2]
Superoxide dismutase A | sodA
Superoxide dismutase C | sodC
Peroxidase [R-OOH + 2e
-→ R-OH + H
2
O]
Cytochrome c peroxidase | ccpR
Thiol peroxidase | tpx
Bacterioferritin comigratory protein | bcp
Alkyl hydroperoxide reductase | ahpC
Rubrerythrin-like protein | hth1222
○
○
○
○
○
○
×
In Aquifex aeolicus
Comparison
Ferritin-like
Rubredoxin-like
4helix surrounding 2Fe
4Cys-1Fe
4helix surrounding 2Fe
Rubrerythrin
(Rbr)
Hth1222
Peroxidase
Unknown
O
2-sensitive
Distribution of Rbr-like proteins
Phylogenetic tree
0 . 1 Actinobacteria Proteobacteria Aquificae HthSingle-domain
→Aerobes
Two-domain
→Anaerobes
ThermoproteiPhysiology of hth1222 gene defect mutant
Growth profiles
OD 5 4 0 n m 0 10 20 0 4 8 12 0 10 20 Time [h] Time [h] Time [h]0.1 1.0 1.5 0.05 0.1 0.4 0.1 1.0 2.0
● WT ○ Mutant
0% O
22% O
210% O
2Anaerobic
Microaerobic
Aerobic
Unable to grow aerobically
→Essential under aerobic conditions
0.0 0.1 0.2 0.3 300 400 500 600 700 0.0 0.1 0.2 0.3 300 400 500 600 700 0.0 0.1 0.2 0.3 300 400 500 600 700 0.0 0.1 0.2 0.3 300 400 500 600 700 0.0 0.1 0.2 0.3 300 400 500 600 700
Characterization of purified protein
Spectra analyses
1. Oxidized spectrum 2. Dithionite (Reduced) 1. Oxidized 2. +NADPH 3. +FNR (Reduced) 4. +H2O2 (Reoxidized) Wavelength [nm] Abs orbanc e Wavelength [nm] Abs orbanc e• Ferredoxin:NADPH oxidoreductase (FNR) can reduce Hth1222
• Reduced spectrum was reoxidized by H2O2→Hth1222 may function as a peroxidase
FNR was reported to reduce Rbr
Superoxide dismutase (超酸化物不均化酵素)
Superoxide dismutase A | sodA
Superoxide dismutase C | sodC
Peroxidase (過酸化物還元酵素)
Cytochrome c peroxidase | ccpR
Thiol peroxidase | tpx
Bacterioferritin comigratory protein | bcp
Alkyl hydroperoxide reductase | ahpC
Rubrerythrin-like protein | hth1222
○
○
○
○
○
○
×
In Aquifex aeolicus
酸素感受性の近縁種
他の酸化ストレス防御機構は?
In H. thermophilus
他の微生物のBCP
分子内に1~3つのCys
H. thermophilus
TK-6のBCP
分子内に4つのCys
Bacterioferritin comigratory protein (BCP)
本菌のBCPの反応機構は?
過酸化物還元酵素として機能
• 2つのCysが活性中心
Cys-
SH
HS
-Cys
⇄ Cys-
S-S
-Cys
(還元型) (酸化型)
H. thermophilus
TK-6のBCP
本菌BCPはCys12, Cys26, Cys48, Cys53を持つ これまでの研究より
・本菌BCPは
単量体で機能
し,
活性中心がCys48のみ
であること
・活性に関与しない
Cys12とCys26がS-S結合を作る
こと
が明らかにされている。 0 10 20 30 40WT C12A C26A C48A C53A
Spec ifi c ac ti v ity (U/mg)
Y. Sato (2013) Energy Metabolisms of Hydrogenobacter thermophilus
22 31 14 kDa
還元
酸化
WT 12 26 48 53活性中心でないCys12とCys26
が分子内S-S結合を形成
Cys48のみ活性に必須
Cys12
Cys26
Cys48
Cys53
実験手法 ジスルフィド結合を形成するCysを特定するため、ROSの一種である H2O2の添加によって酸化状態にしたBCPを酵素処理によって複数の断 片に分け、MALDI-TOF/MSによって酸化還元に伴う質量変化を測定し た。① H
2O
2(ROSの一種)添加によりS-S結合を形成
② トリプシンによる酵素処理でBCPを複数の断片に分離
③ MALDI-TOF-MSによって酸化還元に伴う質量変化を測定
Cys-SH Cys-SH 2H Cys-還元型 酸化型 H2O2S
S
MLKEGDKAPEFCLEGIDEDGKEGRFCLR DFLGKPLILYFYPKDDTPGCTQEACDFRD SMSR… BCP Cys-SH Cys-SH 還元型 Cys-Cys- 酸化型S
S
断 片 断片断片の質量が
還元型より-2 Da
2H
(2 Da)
質量変化を測定することでS-S結合の位置を特定
H. thermophilus
TK-6のBCP
本菌BCPはCys12, Cys26, Cys48, Cys53を持つ これまでの研究より
・本菌BCPは
単量体で機能
し,
活性中心がCys48のみ
であること
・活性に関与しない
Cys12とCys26がS-S結合を作る
こと
が明らかにされている。 0 10 20 30 40WT C12A C26A C48A C53A
Spec ifi c ac ti v ity (U/mg)
Y. Sato (2013) Energy Metabolisms of Hydrogenobacter thermophilus
22 31 14 kDa
還元
酸化
WT 12 26 48 53活性中心でないCys12とCys26
が分子内S-S結合を形成
Cys48のみ活性に必須
CPSH H2O2 H2O CPSOH
1st step
N
C
N
C
2nd step① 分子内 S-S結合 CPSOHN
C
CRSH + H2O CPSN
C
CRSBCP
Peroxiredoxin (BCP)の反応機構
CRSH CRSH 2nd step② 分子間 S-S結合 CPSOHN
C
N
C
HSCR +N
CPSC
N
C
SCR H2O CRSH HSCP CRSH HSCPBCPの反応機構
BCPの反応機構
C53Aは
Cys48同士の分子間S-S結合
を形成
WTはCys-48, Cys-53間においても分子内ジスルフィド結合を形成
H2O2 Cys-48-SH Cys-53-SH HS-Cys-12 HS-Cys-26 Cys-48-S Cys-53-S S-Cys-12 S-Cys-26野性株は
Cys48, Cys53間で分子内S-S結合
を形成
H2O2 Cys-48-SH Cys-53-SH Cys-48-S Cys-53-S Cys48-SH Ala53 H2O2 Cys48-S Ala53 S-Cys48 Ala53H. thermophilus
TK-6のBCP
本菌BCPはCys12, Cys26, Cys48, Cys53を持つ これまでの研究より
・本菌BCPは
単量体で機能
し,
活性中心がCys48のみ
であること
・活性に関与しない
Cys12とCys26がS-S結合を作る
こと
が明らかにされている。 0 10 20 30 40WT C12A C26A C48A C53A
Spec ifi c ac ti v ity (U/mg)
Y. Sato (2013) Energy Metabolisms of Hydrogenobacter thermophilus
22 31 14 kDa
還元
酸化
WT 12 26 48 53活性中心でないCys12とCys26
が分子内S-S結合を形成
Cys48のみ活性に必須
CO2 Oxaloacetate Citryl-CoA Citrate Succinyl-CoA Oxalosuccinate Isocitrate 2-Oxoglutarate Succinate Fumarate Malate Pyruvate Acetyl-CoA Gluco- neogenesis CO2 CO2 CO2 炭酸固定 炭酸固定 炭酸固定 炭酸固定 2電子還元 2電子還元 脱水 2電子還元 脱水 CoA付加 CoA付加 開裂
rTCAサイクルのモジュール連続性
TPP TPP ビオチン ビオチン Fe-S Fe-Sモジュール
水添加Acetyl-CoA Pyruvate Oxaloacetate Malate Fumarate Succinate
つまり、こんな考え・・・・・
炭酸固定 炭酸固定 2電子還元 2電子還元 脱水 Citrate cis-Aconitate Isocitrate 2-Oxoglutarate Succinyl-CoA 炭酸固定 炭酸固定 Oxalosuccinate 2電子還元 脱水 水添加 (1) 左側の代謝系が機能 (2) コハク酸はそのままではそれ 以上反応が進行しないので CoAが動員され、Succinyl-CoA が生成 (3) cis-アコニット酸まで反応進 行 (4) 酵素が二機能性を有してい たため、クエン酸が生成 (5) クエン酸はそのままでは反応 が進行しないのでCoAが動員 され、Citryl-CoAができる (6) Citryl-CoA lyaseが機能し始 め、回路が完結する Citryl-CoA Acetyl-CoA + Oxaloacetateイソクエン酸:6%
cis-アコニット酸:3%
クエン酸:91%
アコニターゼが関わる分子
H
2
O
H
2
O
アコニターゼがクエン酸を
(効率よく)生成するため、
フマル酸還元酵素と類縁な
酵素がcis-アコニット酸に
対して機能することなく反応
が進んだ。クエン酸がエネル
ギー的に安定なこともこの
事柄を支持している。
フマラーゼが関わる分子
リンゴ酸:75%
フマル酸:25%
H
2
O
フマル酸還元酵素
フマル酸還元酵素のサブユニット数が多いこと、さらにはモチー
フが多いことは、生物が、とにかくフマル酸を代謝しよう、と喘い
でいた歴史を刻んでいるのでは
!
?
Parallel, but moderately identical only in CO
2fixation
reaction
Enzymes
Cofactors
Enzymes
Cofactors
Identity (%)Pyruvate: ferredoxin oxidoreductase TPP Ferredoxin 2-Oxoglutarate: ferredoxin oxidoreductase TPP Ferredoxin POR-FOR: 45-58 POR(B)-KOR(B): 19 Pyruvate carboxylase Biotin ATP 2-Oxoglutarate carboxylase Biotin ATP Large subunit: 44 Small subunit: 55 Malate dehydrogenase NADH Oxalosuccinate reductase NADH 10 Fumarase Fe-S Aconitase Fe-S α: 7
β: 5 Fumarate reductase NADH Succinyl-CoA synthetase ATP Citryl-CoA synthetase ATP CcsA-SucC: 26 CcsB-SucD: 33 Citryl-CoA lyase
Acetyl-CoA Pyruvate Oxaloacetate Malate Fumarate Succinate Isocitrate 2-Oxoglutarate Succinyl-CoA Glyoxylate
サイクル形成前?
Sulfolobus, Pyrobaculumで見出される 進化系統的に 古い微生物に は見当たらないグリオキシル酸
(CHO-COOH)
C1代謝から見ると:
3HPサイクルの中間代謝物質
メチロトローフ、セリン経路の中間代謝物質
C2代謝から見ると:
グリオキシル酸経路の中間代謝物質
グリオキシル酸カルボリガーゼの基質
(C2代謝とC3代謝を結ぶ)
しかし、アセチル-CoAとは異なり二酸化炭素から
の生合成系は存在しない・・もともと存在していた?
Acetyl-CoA Pyruvate Oxaloacetate Malate Fumarate Succinate Isocitrate 2-Oxoglutarate Succinyl-CoA Glyoxylate
サイクル形成前?
Sulfolobus, Pyrobaculumで見出されるAcetyl-CoA 炭酸固定 Pyruvate Oxaloacetate Malate Fumarate Succinate 炭酸固定 2電子還元 2電子還元 脱水 Metylmalonyl-CoA Propanoyl-CoA Acryloyl-CoA Lactate Succinyl-CoA 炭酸固定 CoA添加 Lactoyl-CoA 脱水 異性化 2電子還元 2電子還元 CoA添加