エピジェノミクス解析編
株式会社キアゲン
アプライドアドバンストゲノミクス
宮本 真理, PhD
アジェンダ
•
ChIP-seq 解析
•
Transcription Factor ChIP-seq
•
Histone ChIP-seq
NGS Applications
• Genome assembly (Gx only)
• Resequence
ゲノミクス
• RNA-seq, Expression analysis
• Small RNA
トランスクリプトミクス
• ChIP-seq
• Bisulfite seq
エピジェノミクス
ChIP-seq 101
サンプル準備
ChIP-seq Basic method
Park, P., ChIP--seq: advantages and challenges of a maturing technology
Nature Reviews Genetics, 2009, 10, 669-680
Pepke, S.; Wold, B. & Mortazavi, A., Computation for ChIP-seq and RNA-seq studies
Transcription Factor ChIP-seq
ピークコール
マッピング
クオリティチェック
インポート
マッピング
クオリティチェック
インポート
ChIP
Control
アノテーション
Transcription Factor ChIP-seq 解析フロー
インポート
QC・トリミング
マッピング
ピークコール
ピーク近傍の
アノテーション
ピーク領域の
アノテーション
ChIP-seq 解析パイプライン
•
シーケンサーごとのインポーター
•
ゲノムやアノテーション情報もインターフェースからインポート
インポート
QC・トリミング
マッピング
ピークコール
ピーク近傍の
アノテーション
ピーク領域の
アノテーション
ChIP-seq 解析パイプライン
•
様々なクオリティレポート
•
クオリティでのトリミングやアダプターのトリミングが可能
インポート
QC・トリミング
マッピング
ピークコール
ピーク近傍の
アノテーション
ピーク領域の
アノテーション
ChIP-seq 解析パイプライン
•
リードのForward、Reverse のカバレッジ分布
•
非常に軽いブラウザ
•
マッピングのカバレッジに関するレポート
インポート
QC・トリミング
マッピング
ピークコール
ピーク近傍の
アノテーション
ピーク領域の
アノテーション
ChIP-seq 解析パイプライン
•
ピークの山の表示
•
テーブルには、ピークの位置情報や長さ、p-valueなど。テーブルに
含まれる情報はフィルタリングに利用可能
インポート
QC・トリミング
マッピング
ピークコール
ピーク近傍の
アノテーション
ピーク領域の
アノテーション
ChIP-seq ピークコール詳細
Quality check and create
report
Peak Shape Filter
作成
Peak Shape Score
計算
p-value計算
ChIP-seq クオリティチェック (Enrichment check)
Landt, S. G., Marinov, G. K., Kundaje, A., & Frazer, K. A. (2012). ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia the genome, 1813–1831. doi:10.1101/gr.136184.111
•
Cross-correlation (相互相関関数)：2つのベクトルの類似度を計算するもの。ChIP-seq
では、免疫沈降による濃縮がうまく行われていれば、（-）鎖側にマップされるリード
をk塩基シフトさせたとき、あるkにおいてピークが見られると考えられそれを濃縮のク
オリティの目安とする。
ChIP-seq クオリティチェック (Enrichment check)
Landt, S. G., Marinov, G. K., Kundaje, A., & Frazer, K. A. (2012). ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia the genome, 1813–1831. doi:10.1101/gr.136184.111
