イルミナテクニカルセミナー session3
Illumina Experiment Managerの使い方
サービス・サポート部 テクニカルサポートサイエンティスト
Illumina Experiment Manager (IEM)とは IEM のインストール IEM のワークフロー – サンプルプレートの作成と編集 – サンプルシートの作成と編集
MiSeq からのサンプルシートの利用
Outline
フリーソフトウェア (MyIllumina) ウィザードベースで作成
不適切なインデックスの組み合わせを通知 Illumina Experiment Manager とは
Illumina Experiment Manager (IEM) は、
IEM のインストール
ソフトウェアの ダウンロード
• MyIllumina へのログイン
• Downloads >> software >> llumina Experiment Manager https://my.illumina.com/download/summary/Do_qnPtQYkG3Inh3jPkOTA ソフトウェアの インストール • Setup.exe ファイルを開けてインストール • インストレーションウィザードに従ってNextを選択 ソフトウェアの 開始 • デスクトップ上のIEMのアイコンをクリック
サンプルプレートとサンプルシートとは サンプルプレート: (.plt ) – 解析のタイプ – プレート名 – インデックス サンプルシート: (.csv) – ランの条件 – データ解析の条件 – マニフェスト – ゲノム
v1.1 v1.2 ファイルの保存フォルダーのセッティング リポジトリ： • サンプルプレート • サンプルシート リポジトリ： • サンプルプレート • サンプルシート • マニフェスト
Illumina Experiment Manager の起動
v1.1
(for MCS1.1)
v1.2
サンプルプレートの作成
サンプルプレートの作成 – Assay Selection
サンプルプレートの作成 – Assay Selection TruSeq Custom Amplicon (TSCA)
サンプルプレートの作成 – Assay Parameters
サンプルプレートの作成 - Plate Samples (Table tab)
v1.1 v1.2
“Apply Default Index Layout”
Sample ID- サンプルシートに記載するサンプル名 Sample Name- サンプル名
Index 1 & Index 2- ドロップダウンするとリストが表示されます。
または”Apply Default Index Layout“をクリックして 下さい。
Manifest (v1.1) , Amplicon Manifest (v1.2) –
v1.1 のTSCA, NexteraではManifestファイルのアップロード v1.2の Nextera, Nextera XT ではAmplicon Manifest の作成が必要
サンプルプレートの作成 - Plate Samples (Table tab)
Sample ID- サンプルシートに記載されるサンプル名
Sample Name- サンプル名
Index 1 & Index 2- ドロップダウンリスト
”Apply Default Index Layout“をクリック
Manifest (v1.1) , Amplicon Manifest (v1.2) –
v1.1 : TSCA, Nextera → Manifestのアップロード v1.2 : Nextera, Nextera XT → Amplicon Manifest の作成
Sample Project- プロジェクト全体の説明
サンプルプレートの作成 - Plate Samples (Table tab)
Sample ID- サンプルシートに記載されるサンプル名
Sample Name- サンプル名
Index 1 & Index 2- ドロップダウンリスト
”Apply Default Index Layout“をクリック
Manifest (v1.1) , Amplicon Manifest (v1.2) –
v1.1 : TSCA, Nextera → Manifestのアップロード v1.2 : Nextera, Nextera XT → Amplicon Manifest の作成
サンプルプレートの作成 - Plate Samples (Table tab)
Sample ID- サンプルシートに記載されるサンプル名
Sample Name- サンプル名
Index 1 & Index 2- ドロップダウンリスト
”Apply Default Index Layout“をクリック Manifest (v1.1) , Amplicon Manifest (v1.2) –
v1.1 : TSCA, Nextera → Manifestのアップロード v1.2 : Nextera, Nextera XT → Amplicon Manifest の作成
Sample Project- プロジェクト全体の説明
サンプルプレートの作成 - Plate Samples (Table tab)
Sample ID- サンプルシートに記載されるサンプル名
Sample Name- サンプル名
Index 1 & Index 2- ドロップダウンリスト
”Apply Default Index Layout“をクリック
Manifest (v1.1) , Amplicon Manifest (v1.2) –
v1.1 : TSCA, Nextera → Manifestのアップロード v1.2 : Nextera, Nextera XT → Amplicon Manifest の作成
サンプルプレートの作成 - Plate Samples (Table tab)
Sample ID- サンプルシートに記載されるサンプル名
Sample Name- サンプル名
Index 1 & Index 2- ドロップダウンリスト
”Apply Default Index Layout“をクリック
Manifest (v1.1) , Amplicon Manifest (v1.2) –
v1.1 : TSCA, Nextera → Manifestのアップロード v1.2 : Nextera, Nextera XT → Amplicon Manifest の作成
Sample Project- プロジェクト全体の説明
サンプルプレートの作成 - Plate Samples (Table tab)
v1.1 v1.2
サンプルプレートの作成 - Plate Samples (Plate tab)
v1.1 v1.2
サンプルプレートの作成 - Plate Samples (Plate tab)
２つのインデックスを用いたサンプルプレートの例 (Plate Graphic tab)
Copy to Clipboard：他の書類へペースト
サンプルプレートの解析タイプと拡張子
解析タイプ ファイル拡張子の例
TruSeq Custom Amplicon .amp28.plt Nextera .nex28.plt Nextera XT (v1.2 のみ) .next28.plt TruSeq DNA/RNA .tru16.plt Small RNA .smr16.plt
サンプルシートの作成
サンプルシートの作成 – Instrument Selection 1 2 MiSeq Reporter に準拠した サンプルシート の作成 データをCASAVAで解析するための サンプルシートの作成
サンプルシートの作成 – MiSeq Workflow Selection
サンプルシートの作成時のフロー Custom Amplicon Custom Enrichment PCR Amplicon Clone Checking Metagenomics 16S rRNA Plasmids Resequencing de novo (v1.1) Assembly (v1.2) Small RNA RNA-Seq Library QC Targeted Resequencing Small Genome Sequencing RNA Sequencing Other
サンプルシートの作成 – MiSeq Workflow Selection
TSCA
Targeted Resequencing >>> Custom Amplicon
サンプルシートの作成 – Workflow Parameters
Parameter Description
Reagent Cartridge Barcode 試薬カードリッジのバーコードにより、MCS が自動的にサンプルシートを検出。 MCS は、カートリッジに印刷されているバーコードとは異なるフォーマットを要求。 例えば、バーコードが“MS0002724-300” のとき、MCSはファイル名が“MS0002724-00300” のサンプル シートを、バーコードが“MS0002724-50” のとき、MCSはファイル名が“MS0002724-00050 ” のサンプル シートを探す。 Investigator Name 実施者名 Project Name プロジェクト名 Experiment Name 実験名 Date 実験日
Workflow 必須: Resequencing, Amplicon, DenovoAssembly, SmallRNA, Metagenomics, LibraryQC
Genome Folder FASTAファイルが入っているリファレンスゲノムフォルダー
例: C:¥Illumina¥MiSeq Reporter¥Genomes¥PhiX¥Illumina¥RTA¥Sequence¥Chromosomes Only Generate FASTQ
Output Files
MiSeq Reporter でFASTQ ファイルのみ作成し、ワークフロー終了
Use Adapter Trimming MiSeq Reporter でアダプター配列をマスク (二次解析の精度とスピードが向上)
Contaminants, RNA, miRNA
Contaminants, small RNA, mature miRNA のFASTAファイルを含むフォルダーのパス
サンプルシートの作成 – Sample Selection
v1.1 v1.2
サンプルシートの作成 – Sample Selection
v1.1 v1.2
サンプルシートの作成 – Sample Selection
v1.1 v1.2
サンプルシートの作成 – Sample Selection
v1.1 v1.2
サンプルシートの例
ランの準備：サンプルシートをMiSeq のPC上へ
MiSeq Control Software (MCS) で指定
C:¥Illlumina¥MiSeq Control Software¥SampleSheet
ランの開始：ランフォルダーのルートへコピー
ランの終了：サンプルシートは MiSeq Reporter software による二次解析へ
マニフェストファイルのダウンロード
https://icom.illumina.com/Custom/Index
Documents:
Illumina Experiment Manager Guide
https://my.illumina.com/download/summary/Do_qnPtQYkG3Inh3jPkOTA
MiSeq Sample Sheet Quick Reference Guide
https://icom.illumina.com/Download/Summary/q53DRWShtEy-U8XrRJz5Hg
MiSeq System User Guide
https://icom.illumina.com/download/summary/uDUWEnvxcE22mfFTC95zwg
