QTL解析 iwatawiki

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R QTL 解析 ュ 2017.11.17 岩田洋佳 本 R ュ 定例 QTL 解析 用い 行う方法 い 明 利用 定 多環境試験 遺伝子型 例 解析 行う 記 ウン http:/www.genenetwork.org/genotypes/SXM.geno 表現型 http:/wheat.pw.usda.gov/ggpages/SxM/phenotypes.html 表現型 様々 ウン ここ yield 収量 ウン 利用 定 こ 品種 Steptoe×Morex ッ doubled haploid 体 全体 t/ha 含 定 利用 R 定 QTL 解析 qtl R い 系統 含 218 布 収量 DH 交配 い 含 得 150 倍加半数 7 染色体 遺伝子型 16 環境 収量 計測さ 単 い ッ GS 予測 ッ ッ ン 定 入力 qtl kernlab ッ 簡単 ウン R 込 ン ッ 用い 可能 あ 準備 ウン こ 形式 作成 定 遺伝子型入力 定 ウン 以 定 削除 入 定 入力 作成 Excel 区 定 28 行目 ウ 手順 ッ 後 え 残 情報 開く 削除 選択 転置 表計算ソ 表計算ソ 行 列 貼付け 初 3行 1 染色体番号 染色体 置 Locus 定 定 並 id 測 示 定 作業 示 列 必要 R こ 入力 数 実行 あ 引 行う解析 う 前 あ 保 系統 各行 い 遺伝子型 形式 列 そ 入力 形質 環 系統 id 一致 作成 作業 含 置い 各列 必要 述 必要 こ 表現型 い yield.csv 実行 続 geno.csv ッ 系統 id yield.dat ここ こ qtl こ こ 空白 ここ 準備 あ 用い 写 一括変換 入力 ッ く必要 除く 先頭行 変更 R 作成 い あ 定 以 NA cM 数 2 行目 そこ CSV 形式 形式 含 あ Chr 1〜150 行 対応 必要 変更 表現型入力 境 い SM##定 系統 定 順 変更 付け 出力さ 表現型入力 read phenotype data data

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