What is R

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全文

(1)

忙しい人のための

R/Bioconduc

tor

の基礎

Kashiwa.R #7 (バイオ実験系ラボ支援回)

横山貴央(東大・新領域・情報生命)

(2)

東大院 新領域 情報生命科学専攻  D1

研究テーマ:

  ホヤのメチローム解析から探る組織特異的メチル化の起源

特技は R です

Tsukuba.R, Tokyo.R, Kashiwa.R などで発表

R パッケージガイドブック』を共同執筆しましたR の楽しさを伝えるためにやって来ました

自己紹介

(3)

1. コードを実行する方法を知る

2. コードとその実行結果の保存法を知る 3. 思い通りに行かなかった時の対処法を知

(4)

R

マンとの約束だ!」

R はなるべく最新のバージョンを入れて

おこう

http://cran.md.tsukuba.ac.jp/ (筑波大のミラーサイト)

R の統合開発環境「 RStudio 」もあわせて入れておこう

http://www.rstudio.com/

(なぜ Rstudio も入れたほうがいいかは、このあと説明し

(5)

最新版は

R-2.15.3

(6)

Rstudio

配布サイト

(7)
(8)

• テキストエディタのようにコードを書く画面 (S ource) と、実行画面( Console )が分けられてい る

• 作った変数一覧やコマンド履歴が楽に辿れる • プロットの描画、ヘルプの閲覧、ファイルの一

覧が一つの画面内で行える

Rstudio

のよいところ

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">" の右にコマンドを入力する、だけの

使い方をしていませんか?

コマンド履歴で辿れる数には上限がある

Source 画面でコードを書き、 Console で実行し

よう

"~.R" という名前で保存すると、 Rstudio

で自動で開けるようになる

(10)

ヘルプの使い方

データ型とデータ構造を知る

繰り返し処理と条件分岐を理解する

関数の作り方、パッケージの使い方を知

(11)

help.start() というコマンドを実行すると

ヘルプ画面が起動される。

help( 関数名 )

help(package= パッケージ名 )help( データセット名 ) など

(12)

数値

文字列

論理型

(13)

ector  list

matrix ( 行列 )

data.frame ( 列名のついた行列 )

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matrix data.frame の大きさを知りたい

ときは→ dim() #dimension の略

(15)
(16)

forwhileapply

(17)

関数定義Source

Install.package

(18)

18

http://www.bioconductor.org/

(19)

RNA-Seq のマッピング結果を可視化&発

現変動遺伝子を抽出する

Bioconductor

でできること

(20)

出芽酵母の一番長い遺伝子を調べる

http://qiita.com/items/e9197f8a7b6743107866

(21)

ゲノムブラウザーを R plot 現する

http://qiita.com/items/a99d5fb9f24367f55461

(22)

カウントする

Bioconductor

でできること

(23)

えてくれそうな人のところにきに行

えてくれそうな人の Twitter @

Google, seekR Rjpwiki を調べてsessionInfo()  をえるとよいかも

決策がわかったら、の人にえてあ

げてください

(24)

参考

資料

R+Bioconductor を使った NGS 解析  1 R の基礎」

http://cat.hackingisbelieving.org/lecture/tohoku-u/NGS-R-Bioconductor-1st.html

http://togotv.dbcls.jp/20120925.html (講義動画)

(R ) マイクロアレイデータ解析

http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r.html

(R ) 基配列解析(次世代シーケンサーのデータ)

http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html

処理フトウェア R についての Tips

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